Genome Biol | 杨力组开发基于深度学习的计算分析框架实现RNA测序数据直接鉴别RNA编辑与DNA突变位点
2024年10月08日, Genome Biology 在线发表了复旦大学生物医学研究院 杨力 研究组题为 DEMINING: a deep learning model embedded framework to distinguish RNA editing from DNA mutations in RNA sequencing data 的最新研究成果, 本研究发布了一套新型计算分析框架——DEMINING,可以从RNA测序数据直接鉴别RNA编辑与DNA突变位点。 本研究开发的DEMINING流程 (图1) ,通过深度学习模型DeepDDR,实现从RNA测序数据中高效准确地识别RNA编辑和DNA突变。 DEMINING流程首先通过严格的筛选标准去除转录组数据中的测序和比对错误 (图1a) ,然后将获得的高可信度 (DNA和RNA) 突变位点信息作为输入,通过搭建的深度学习模型DeepDDR实现DNA突变和RNA编辑的精准区分 (图1b) 。
生物探索
Genome Biol | 杨力组开发基于深度学习的计算分析框架实现RNA测序数据直接鉴别RNA编辑与DNA突变位点
2024年10月08日, Genome Biology 在线发表了复旦大学生物医学研究院 杨力 研究组题为 DEMINING: a deep learning model embedded framework to distinguish RNA editing from DNA mutations in RNA sequencing data 的最新研究成果, 本研究发布了一套新型计算分析框架——DEMINING,可以从RNA测序数据直接鉴别RNA编辑与DNA突变位点。 本研究开发的DEMINING流程 (图1) ,通过深度学习模型DeepDDR,实现从RNA测序数据中高效准确地识别RNA编辑和DNA突变。 DEMINING流程首先通过严格的筛选标准去除转录组数据中的测序和比对错误 (图1a) ,然后将获得的高可信度 (DNA和RNA) 突变位点信息作为输入,通过搭建的深度学习模型DeepDDR实现DNA突变和RNA编辑的精准区分 (图1b) 。
BioArt
Cell | 蛋白脂质载体实现体内DNA 和 RNA的有效递送
基因治疗可以应对多种疾病,比如单基因疾病和癌症 【1】 。 病毒载体 (如腺相关病毒,AAV) 和非病毒载体 (如脂质纳米颗粒,LNPs) 是目前常用的基因递送工具,但各有其局限性:AAV受制于免疫原性问题,人体在接触AAV后可能会产生针对AAV的抗体,导致无法重复给药,这限制了长效基因表达或多次治疗的需求 【3】 ;而LNPs则含有可电离的脂质成分,在全身递送时可能会导致肝脏毒性,特别是高剂量时,可能引发肝损伤 【4】 。 如何开发出一种既高效、安全,又适用于重复给药的基因递送平台,是基因治疗领域面临的关键挑战之一。
BioArt
RNA疗法,或将终结“乙肝”市场
2024医美与器械创新前沿华西论坛,与您共探药企转型之道,解锁消费医疗市场新机遇。 10月12日,成都等您来。 从“部分治愈”到“临床治愈”。
同写意
Nat Commun | 张赫团队揭示长非编码RNA与编码基因协同调控肿瘤发生新机制
肿瘤细胞具有高度异质性,在同一或不同基因座上,常常存在异常长非编码RNA (long noncoding RNAs, lncRNAs) 和异常编码基因协同调控肿瘤发生的现象 【1-2】 。 然而,许多关键的lncRNA和编码基因源自不同的基因座,通过独特的协同作用和机制,导致肿瘤发生发展 【3】 。 最新研究表明,这些异常lncRNA和编码基因受到从一维至三维层面上遗传和表观遗传因素的复杂转录调控。
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Cancer Discovery | 非整倍体癌细胞通过增强RNA和蛋白质降解来抵消其额外的DNA含量
非整倍性是一种以染色体获得/丢失及蛋白质组失衡为特征的基因组状态,需在RNA和蛋白水平上加以调节以“缓冲”DNA拷贝数改变 (CNA) 的影响,即实现剂量补偿,但很明显,在人类非整倍体癌细胞中这种缓冲效果并未达到预期。 最近的研究表明非整倍体细胞会经历蛋白毒性应激,而蛋白酶体活性增加可以部分克服这种应激 【1, 2】 ,考虑到蛋白酶体抑制剂在临床中常被用于治疗多发性骨髓瘤,因而有必要理清蛋白质代谢在非整倍体细胞中的作用 【3】 。 此外,最近对癌细胞系的分析发现约20%的mRNA并不随其染色体拷贝数水平而变化 【4】 ,因此,RNA的转录和代谢在缓冲非整倍体细胞中的影响有待进一步探索。
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报告下载|Q2 2024基因、细胞和 RNA 疗法概况报告
由美国基因与细胞治疗学会和Citeline 撰写的第2季度 《基因、细胞和 RNA 疗法概况报告》 已经推出。 然而,本季度未有任何新基因或细胞疗法获批。 管线规模仍然保持稳健,此类治疗模式共有 4047 款疗法正在开发中。
Citeline