G99 Q40实测：极致覆盖PE300，数据质量刷新微生物与肿瘤测序体验！

华大智造肿瘤 G99 Q40

华大智造MGI

07/22

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近日，华大智造StandardMPS 2.0（以下简称“SM 2.0”）测序试剂完成了DNBSEQ-G99平台的全读长适配，极致覆盖PE300读长，G99测序质量全面实现Q40。SM 2.0与G99的适配将显著提升小型基因组测序以及肿瘤研究中变异检测的精确度和灵敏度，并降低所需测序数据量，为全球用户带来前所未有的精准测序体验。此外，针对较短读长如SE100和SE50的测序需求，SM 2.0测序试剂的引入能极大地增强对细菌等微生物鉴定的准确性，为微生物学研究带来新的突破。

今年2月，华大智造发布SM 2.0测序试剂，开启DNBSEQ平台测序质量达Q40的时代。在PE150及以下读长的测序场景中，SM 2.0试剂可实现Q40超过85%，而在更长读长PE300测序中，Q40亦可达到80%以上。SM 2.0测序试剂中全面优化了DNA聚合酶、MDA酶以及dNTP上的荧光染料，具有更高的聚合效率和碱基识别准确度，与此同时，Q值表的优化极大地提高了数据判读精度。

本文总结了使用SM 2.0测序试剂的多家早期用户，基于DNBSEQ-G99平台在不同读长测序条件下的实测表现。结果显示，不论是长读长PE300，还是常规的PE150读长，在面对不同应用的复杂文库时，SM 2.0与G99的适配都能稳定产出Q40数据，且Q40数据质量均超过90%，优于参与测试的行业同类平台。

PE300测序读长实测

实测数据一：

用户坐标：中国，广州

应用方向：微生物16s测序，微生物功能基因测序

1.测序结果稳定性佳，Q40高达90.37%

利用DNBSEQ-G99的SM 2.0试剂对1424个细菌样本的V1-V3、V3-V4区域、功能基因PmoA进行测序。测试结果表明Q40可高达90.37%，且不同批次间所得数据差异小，标准偏差仅0.25，稳定性佳。

2.真实还原样本菌落组成

在微生物PCoA分析中，每个点代表一个微生物群落样本，不同样本用不同颜色表示，点与点在坐标轴上的投影距离越远，则代表对应两个群落样本中的整体组成结构差异越大。将左图中的区域随机放大，可发现DNBSEQ-G99不同批次间的测序分析结果非常接近，且与友商平台A结果相似，再次证明利用DNBSEQ-G99测序所得的不同批次间结果稳定性佳，可还原真实微生物样本的菌落组成。

实测数据二：

用户坐标：中国，武汉

应用方向：微生物16s测序

1.测序结果质量高，Q40高达93.42%

对小鼠和人的肠道内容物进行Meta-16s rRNA扩增子测序，DNBSEQ-G99相较于友商平台C，更多比例的碱基测序质量值达到Q40，总体Q40水平高达93.42%。

2.测序稳定性和数据利用率

升级后的SM 2.0试剂相较于升级前的SM试剂，测序结果稳定性有明显提升，并且可支持更低比例的平衡文库投入，有效提高测序数据利用率，SM 2.0试剂搭配DNBSEQ-G99的数据利用率相较于友商平台约高10%。

实测数据三：

用户坐标：美国

应用方向：肿瘤检测

1.数据量产出和测序质量高

利用肿瘤标准品样本以及用户自研肿瘤panel进行测试发现：升级后试剂（SM 2.0）的total reads和Q30水平均高于升级前（SM），平均total reads提升至116M，且数据分布更集中，数据稳定性更好，Q40高达 94%。

2.肿瘤位点检出率一致好且重复性高

在利用两种不同的酶（KAPA2G和Phusion U）测试的情况下，DNBSEQ-G99检出的肿瘤突变频率与理论值较为一致，R2分别为0.98以及1.00。

PE150测序读长实测

实测数据：

数据来源：真固生物&华大智造联合测试

应用方向：肿瘤检测

1.Q40高达94.35%

利用Zymo标准品样本、真固生物的多癌种59基因热点检测试剂盒进行测试，在未加平衡文库的情况下，DNBSEQ-G99下机产出136.66M reads ，Q30可达97.88%，Q40可达94.35%。8个样本混合pooling上机，整体拆分率为99%，每个样本拆分率偏差仅0.9%，样本拆分均一性高，且单样本数据量均满足分析标准。

2. 不同突变位点检出频率与理论频率高度一致

利用DNBSEQ-G99对FFPE样本进行肿瘤变异频率检测发现，不同突变位点的检出频率都接近理论频率。DNBSEQ-G99平台可100%检出突变频率在1%以及5%的变异位点。

总结

以上实测数据表明， DNBSEQ-G99平台实现了与StandardMPS 2.0测序试剂的完美适配，标志着DNBSEQ-G99平台所有读长测序质量均达到了Q40标准，在测序成本和质量上实现了显著优化。这将极大地推动高通量测序技术在肿瘤学研究、传染病领域、微生物等领域的广泛应用，为生命科学领域带来深远的影响，推动相关研究和应用迈向新的高峰。

追求极致、打破边界，生命不息、创新不止。华大智造始终坚持在前沿基础研究和关键技术上的战略投入，致力于为全球用户提供先进的生命科技核心工具，以科技创新赋能生命科学产业的持续突破。未来，华大智造仍将不断创新，推动建立更多高质量的行业标准，与全球合作伙伴一道加速科技普惠的到来。