鲜有人知的是另一种与 D. melanogaster 在超过五千万年前就分化的果蝇（ D. pseudoobscura ）。 20个世纪 30 年代著名演化遗传学家杜布赞斯基发现该果蝇野外群体里有大量的染色体大片段重排（结构变异），并且随着四季更替会发生重排频率的改变。 因此，早在2005年， D.pseudoobscura 成为 D. melanogaster 之后第二个被测序的果蝇，并经常与 D. melanogaster 一起成为比较基因学的研究范式。
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