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肌联蛋白(titin)长期以来一直是分子界中的巨无霸。它由34,000多个氨基酸组成,重达370万道尔顿,长期以来一直被认为是世界上最大的蛋白质,直到近期科学家发现了新蛋白质——PKZILLA-1。
自然界中的大多数蛋白质都只有几纳米(nm)长,复杂生物体的蛋白质平均质量约为 50 千道尔顿(kDa)。相比之下,新发现的蛋白质绝对是个怪物:PKZILLA-1的长度可达1250纳米,质量为4730千道尔顿。
PKZILLA-1 与 titin 的对比图
这项研究发表在近期的《科学》杂志上,题为 Giant polyketide synthase enzymes in the biosynthesis of giant marine polyether toxins 。
研究表明,这种巨大的蛋白质和另一种超大尺寸但没有破纪录的蛋白质PKZILLA-2,是产生prymnesin的关键——prymnesin是一种大而复杂的分子,是藻类的毒素。将其释放到水中,从而对鱼类和人类健康构成威胁。
除了确定prymnesin背后的大量蛋白质外,该研究还发现了异常大的基因,这些基因为小Prymnesium提供了制造蛋白质的蓝图。
为了让普林氏藻成为其他有害藻类的模型,作者需要弄清楚它制造毒素的分子机制。
PKZILLA 蛋白质实际上是一种酶,因此它们通过一系列化学反应产生毒素。研究小组发现,在两种 PKZILLA 形态之间,要经过 239 个化学反应才能产生 prymnesin。
普林尼辛是一种聚酮化合物,由酮基和亚甲基基团链构成。作者在普林氏藻的基因组中搜寻聚酮合成(PKS)基因,试图找到制造普林尼辛的“建筑师”,但基因组中基因识别的自动化过程容易出错。
为了确保没有遗漏,作者手动将潜在的PKS基因片段输入数据库进行确认,并幸运地取得了突破。
PKZILLA的基因片段分散在序列数据中,作者花了很长时间才将这些基因片段拼凑起来。一旦他得到了这些基因,他就可以将它们翻译成它们所编码的蛋白质——这是他在几年前最终完成的谜题。
下一步是确认巨大的PKZILLA基因是否确实在活细胞中转化成了蛋白质。
研究人员将藻类冷冻干燥,并使用酶将其所有蛋白质分解成片段。对这些片段进行测序后发现,PKZILLA-1的至少75%、PKZILLA-2的至少76%,确实转化成了蛋白质。
这种方法虽然无法确认PKZILLA是否作为单一、巨大的蛋白质存在,但作者对此充满信心。如果得到证实,PKZILLA-1将成为地球上最大的已确认蛋白质,其氨基酸长度达到45,212个。
了解藻类制造巨大分子的方法不仅可以帮助我们应对有害藻华,还可以帮助我们学习如何自己制造新型分子。
论文链接:
https://www.science.org/doi/10.1126/science.ado3290?adobe_mc=MCMID%3D33004222019363535004432668289437217854%7CMCORGID%3D242B6472541199F70A4C98A6%2540AdobeOrg%7CTS%3D1723141429
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