Br J Cancer影响因子8.8|上海嘉因CUT&Tag、ATAC-seq和ChIP-seq客户文章|染色质可及性与PDAC

KRAS 胰腺导管腺癌染色质

上海嘉因生物

08/08

查看原文

2023年6月，山东大学第二医院王传新、山东大学齐鲁医院徐硕/展翰翔团队在British Journal of Cancer杂志上发表学术论文“Chromatin accessibility uncovers KRAS-driven FOSL2 promoting pancreatic ductal adenocarcinoma progression through up-regulation of CCL28”，阐明了KRAS驱动的Fos-like antigen 2 （FOSL2）通过转录激活C-C motif chemokine ligand 28 (CCL28)加速胰腺导管腺癌（Pancreatic Ductal Adenocarcinoma，PDAC）进展，揭示了FOSL2在PDAC中的免疫抑制作用。

在胰腺导管腺癌进展中，表观遗传学机制了解的仍较少。本研究通过多组学测序确认在PDAC中发挥关键作用的转录因子，并探索在其在PDAC中的分子机制。研究使用了ATAC-seq、H3K27ac-ChIP-seq和RNA-seq，用以描绘PDAC基因工程小鼠模型的表观遗传学景观，模型包括具有或不具有KRAS和/或TP53突变。使用Kaplan–Meier方法和多变量Cox回归分析评估FOSL2对PDAC患者生存率的影响。使用CUT&Tag知晓FOSL2的潜在靶点。使用CCK8、transwell迁移和侵袭、RT-qPCR、Western印迹分析、IHC、ChIP-qPCR、双荧光素酶报告和异种移植模型，来探索FOSL2在PDAC进展中的功能和潜在机制。研究结果表明在PDAC进展过程中，表观遗传变化在免疫抑制信号传导中发挥作用。此外，FOSL2是PDAC的关键调节因子，在PDAC中其表达量上调并与患者的不良预后有关。FOSL2促进细胞增殖、迁移和侵袭。研究同时表明，FOSL2作为KRAS/MAPK通路的下游靶标，通过转录激活CCL28来募集调节性T（Treg）细胞。这一发现强调了涉及KRAS/MAPK-FOSL2-CCL28-Treg细胞的免疫抑制调节轴在PDAC发展中的作用。

文中CUT&Tag、ATAC-seq和ChIP-seq实验由上海嘉因生物协助完成。

END

上海嘉因生物

中国表观遗传学技术服务领跑者

嘉因生物-CUT&Tag介绍

CUT&Tag可以在全基因组范围内定位转录因子的结合位点或者组蛋白修饰发生的位置。CUT&Tag使用ProteinA-Tn5融合蛋白来结合目的蛋白上的抗体，并特异性切割目的蛋白结合的DNA，最终实现靶蛋白结合位点的精准定位。相比于ChIP-seq而言， CUT&Tag 的数据信噪比高、所需细胞数少，测序量小并且实验重复性高。

scCUT&Tag，即单细胞CUT&Tag，可以进一步了解，指定的转录因子或者组蛋白修饰，在细胞群体中每一个细胞中的结合位置。

嘉因生物-CUT&Tag优势

优势一 2021年7月，国内第1篇由服务商提供CUT&Tag服务的文章发表于Genome Biology。截止至2023年8月，嘉因已累计协助客户发表CUT&Tag文章78篇，总影响因子超过600分，包括Nature Genetics, Signal Transduction and Targeted Therapy, Cell Discovery 等顶尖杂志。

优势二嘉因生物8年来，积累了超过300种的成功实验抗体库，向老师们推荐高成功率的转录因子抗体和组蛋白修饰抗体。CUT&Tag项目进行高标准交付（人的经典DNA结合蛋白，MACS2 Q-value= 0.05下至少500个peak）。

优势三延续嘉因生物5年来的ATAC-seq的丰富提核经验，针对各种组织器官类型的CUT&Tag项目的提核更得心应手。嘉因已完成1500+例CUT&Tag实验，涉及到的物种和组织器官组合200+。

优势四生信分析售后团队可以完成各类CUT&Tag定制化分析。