Nat Methods | 瞿昆/黎斌/陈发来合作系统性评估单细胞多组学分析算法
单细胞多组学技术 (如CITE-seq、REAP-seq、SHARE-seq和10x Multiome等) 的发展,为深入理解细胞功能和复杂的基因调控机制提供了前所未有的机遇。 然而,湿实验方法通常伴随高成本、数据质量有限以及批次效应等挑战。 为克服这些局限,生物信息学家基于统计模型和人工智能技术,开发了多种算法。
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Cancer Cell | 张泽民团队通过跨组织单细胞多组学揭示肌成纤维细胞的多样化免疫调节特征
成纤维细胞是维持组织稳态的关键结构细胞,在纤维化、炎症和癌症等疾病状态下呈现出多种表型来影响疾病进程及其治疗抗性 【1,2】 。 肌成纤维细胞 (myofibroblasts) 因其对肿瘤微环境的关键调控作用,近年来受到广泛关注。 研究发现,它们在胰腺癌、乳腺癌和结肠癌等多种癌症中表现出显著的免疫抑制作用 【3-5】 ;然而,肌成纤维细胞的异质性、在不同疾病状态下的分布特征、空间定位及其与其它免疫细胞的互作机制仍有待深入研究。
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基金委发布4个2024年度重大研究计划,3个用到单细胞多组学测序
2024年8月29日,国家基金委发布了4个重大研究计划2024年度项目指南。 “肿瘤演进与诊疗的分子功能可视化研究”。 在《关于发布肿瘤演进与诊疗的分子功能可视化研究重大研究计划2024年度项目指南的通告》中,2024年度资助研究方向多处提及 多 组学和细胞生物学 。
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单细胞多组学揭秘小胶质细胞在抗病毒中的神秘面纱
这些富集的转录组有助于确定健康和病毒感染条件下小胶质细胞的真实特征。 研究定义了稳定状态下和病毒性脑炎期间小胶质细胞的转录景观,并强调了小胶质细胞和T细胞之间的细胞相互作用。 对体外培养的小胶质细胞、分选的小胶质细胞以及通过RiboTag方法确定的小胶质细胞翻译组进行了并排比较分析,以识别定义稳态和炎症条件下小胶质细胞的特定分子触发因素和特征。
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项目文章 | 单细胞多组学揭示肿瘤微环境中的遗传密码与免疫治疗新策略
利用单细胞和bulk RNA测序数据绘制了基因对细胞类型比例的影响,研究人员从癌症基因组图谱中鉴定了23种癌症类型的3494个免疫定量性状位点(immunQTLs)。 功能注释揭示了调控潜力,并进一步确定了1668个调控TME组成的基因。 通过整合来自欧洲和中国结直肠癌(CRC)样本的数据构建了一个联合免疫QTLs图谱。
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基金委发布4个2024年度重大研究计划,3个用到单细胞多组学测序
2024年8月29日,国家基金委发布了4个重大研究计划2024年度项目指南。 “肿瘤演进与诊疗的分子功能可视化研究”。 在《关于发布肿瘤演进与诊疗的分子功能可视化研究重大研究计划2024年度项目指南的通告》中,2024年度资助研究方向多处提及 多 组学和细胞生物学 。
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