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重分析10X HD已发表数据带来的启示

10X HD 重分析
3小时前
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空间组学是继单细胞测序技术之后的另一个生物技术研究热点,它能够弥补单细胞测序技术无法获取细胞空间分布信息的缺陷。它曾多次被Nature Methods评为年度技术方法。


图1


2024年上半年,10X Genomics推出了最新的空间转录组产品——Visium HD芯片。随后,他们在预印本上发表了一篇名为《Characterization of immune cell populations in the tumor microenvironment of colorectal cancer using high definition spatial profiling》的文章。文章中,研究人员对5例结直肠癌患者的FFPE组织进行了分析,利用Visium HD技术深入探索肿瘤微环境(TME),并结合单细胞RNA-seq和Xenium原位基因表达技术,全面描绘了TME中的免疫细胞类型。


表1 样本信息


文章发表后,吉凯的各位生信同事对该文章HD的分析部分产生了极大兴趣,在第一时间完成了数据下载,并从多种角度进行探索。接下来,我们就来简单看下吉凯分析的结果。


为了对这些样本实现更好的细胞类型注释,并且在切片上进行可视化,文献中,10X的研究人员同时采用了Visium HD测序和单细胞转录组测序,并以单细胞转录组作为细胞类型注释的参考。


下图中,左图是吉凯完成单细胞转录组数据下载后,重新分群注释的结果,右图是10X研究人员注释分群的结果,对比发现,两者注释到的细胞类型几乎完全一致。

a

b

图2(a:吉凯对10X已发表的单测数据重分析、注释的结果;  b:10X文献中展示的单测注释结果)


接下来,吉凯分别以吉凯注释的结果、10X研究人员注释的结果对HD的数据进行解卷积(图3a和图3b),对比发现,两种解卷积得到的细胞类型分布在切片上也几乎完全一致。


a

b

图3(a:基于图2a吉凯注释解卷积的结果; b:基于图2b 10X文章注释解卷积的结果)


最后,参考文献level2的注释标签,吉凯自行进行的解卷积结果(图4a)和文章展示的注释的结果(图4b)也表现出了极高的一致性,如下图。


a

b

图4(a:吉凯解卷积的结果; b:10X文章展示的解卷积结果)


总之,从多个角度进行比较,我们发现吉凯分析出的结果与文章中展示的结果高度相似。此外,我们还对基于marker注释与参考单细胞解卷积注释的异同、多个样本联合分析与单个样本分析的差异等问题进行了探讨。如果老师感兴趣,想了解更多信息,欢迎随时联系我们的销售或科研顾问。


END


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