bioRxiv：新冠病毒的突变目前并未增加其传播力

引起新冠肺炎（COVID-19）的新型冠状病毒（SARS-CoV-2）是一种正义单链RNA病毒。在近6个月的全球传播中，其逐渐积累了许多突变，导致基因组呈现多样性。而这些突变可能会影响病毒的传播性能及毒力，或产生感染人类宿主的新位点。世界各地的研究团队都在持续监测SARS-CoV-2的基因组多样性，特别是新兴突变的分布和特征。

冠状病毒突变主要通过三个过程实现：1）病毒复制过程中的复制错误产生突变，而SARS-CoV-2的校对机制会减少这种突变的产生；2）由于重组或重配而产生的基因组变异；3）由宿主RNA编辑系统诱导产生的突变，这是宿主自身免疫的一部分。在自然选择下，病毒发展中反复独立出现的突变则是可能具有威胁的重点关注对象。

近日，来自英国伦敦大学的研究人员对全球患者感染的SARS-CoV-2中发生的突变是否会改变病毒的传播性开展了研究，结果没有发现任何与病毒传播性增加有关的复发突变。相反，复发性突变似乎主要是由宿主通过RNA编辑机制产生的免疫诱导的，并且可能对病毒有微弱的危害性。相关研究成果于当地时间5月21日发表在预印本杂志《bioRxiv》上。

https://doi.org/10.1101/2020.05.21.108506

具体来说，研究人员对来自75个国家的15691个SARS-CoV-2的基因组进行最大似然系统进化树分析，与参考基因组Wuhan-Hu-1相比，所有株系发生的SNP均小于29个，计算其每年每个位点发生突变的速率约为9.7 x 10-4，该速率显著低于其他没有病毒校对机制的正义单链RNA病毒。这表明，目前SARS-CoV-2群体的遗传多样性仍然为中等，且所有SARS-CoV-2株系均为同一个克隆谱系。

全球横跨多个国家的15,691个SARS-CoV-2的基因组多样性

在基因组序列比对分析中，研究人员共检测到6822个突变，经过滤鉴定，273个为复发突变。其中，碱基C突变为U的比例非常高，且在非同质和同质位点均可观察到这种模式，除此之外，涉及胞嘧啶的突变几乎全是C/U突变。研究人员还观察到在已知的APOBEC靶点位置含有一个可变碱基的富集，表明这些突变的产生可能与宿主RNA编辑系统诱导相关。

为了测试复发突变与病毒传播性间的关联，研究人员开发了一种新的系统发育指数，即同型后代比率（RoHO），以量化由获得特定突变的任何祖先病毒体产生的后代子代的比例。比较所有进化枝发现，没有一种复发性突变与病毒传播的增加显著相关，且有3个复发突变与病毒传播减少显著相关。有趣的是，log（RoHO）指数向负值的分布呈强趋势，这表明大多数同质异型突变都是弱有害的。

同型后代比率(RoHO)评分指标背后原理的示意图

全基因组同型后代比率(RoHO)得分

总而言之，研究人员在迄今为止的全球范围的SARS-CoV-2株系中，没有检测到与病毒传播增加有关的任何复发突变。相反，有些复发突变呈现为中性或弱毒性的趋势，这显然会减弱SARS-CoV-2的传播。

参考资料：

[1] No evidence for increased transmissibility from recurrent mutations in SARS-CoV-2.

[2] Transmission dynamics and evolutionary history of 2019-nCoV.