2024年10月08日， Genome Biology 在线发表了复旦大学生物医学研究院 杨力 研究组题为 DEMINING: a deep learning model embedded framework to distinguish RNA editing from DNA mutations in RNA sequencing data 的最新研究成果， 本研究发布了一套新型计算分析框架——DEMINING，可以从RNA测序数据直接鉴别RNA编辑与DNA突变位点。 本研究开发的DEMINING流程 （图1） ，通过深度学习模型DeepDDR，实现从RNA测序数据中高效准确地识别RNA编辑和DNA突变。 DEMINING流程首先通过严格的筛选标准去除转录组数据中的测序和比对错误 （图1a） ，然后将获得的高可信度 （DNA和RNA） 突变位点信息作为输入，通过搭建的深度学习模型DeepDDR实现DNA突变和RNA编辑的精准区分 （图1b） 。

聚ADP-ribose聚合酶 (Poly ADP-ribose polymerase) PARP1和PARP2催化的ADP-ribose 聚合作用 （PARylation） 参与多种的生理过程，尤其是在DNA损伤修复的过程中有重要的作用。 基于合成致死的概念，临床中PARP抑制剂被广泛应用了靶向治疗BRCA1/2突变的癌症，其能够在特异性杀死BRCA1/2突变的癌细胞的同时不对正常细胞产生影响。 目前，FDA已经批准了四种PARP抑制剂用于治疗BRCA1/2突变的癌症。

人类基因组中存在多达三十亿的碱基对，因此在基因组学的核心挑战和最终愿景，是描述该三十亿碱基对中，每一个碱基对于特定基因调控及下游蛋白质功能的影响。 因此，如何系统且高通量地对目标基因组序列进行诱导突变，成为一项核心技术挑战。 因此，研究人员将该系统命名为 HACE （Helicase-assisted continuous editing） 系统，即 解旋酶介导的连续突变系统。

胆汁酸 （Bile acid, BA ） 稳态对于各种生理过程至关重要，其紊乱则会引起肝损伤、胆汁淤积症，严重者可诱发肝癌。 法尼醇X受体 （ FXR ） 是胆汁酸稳态的主要调节者，通过肠道FGF15/19内分泌途径响应餐后或异常肠内胆汁酸总量。 然而，在非餐后或肝内胆汁淤积情况下，控制肝脏内胆汁酸合成的肝脏FXR的新型旁分泌信号介质尚不清楚。

蛋白质是生命活动的核心分子，能够精确调控细胞内复杂的生命过程。 很多重要的蛋白质 （例如：共价修饰后的组蛋白和转录因子等） 通过与基因组DNA相互作用，调控了细胞的表观遗传状态，进而影响基因的转录活性和表达模式。 近年来随着测序技术的发展，染色质免疫共沉淀测序技术 （ChIP-seq） 已经成为研究蛋白质-DNA相互作用的“金标准”。

拉斯克奖今年再次“押中”诺贝尔奖。 今年的两位诺贝尔生理学或医学奖获得者维克托·安布罗斯（Victor Ambros）和加里·鲁夫昆（Gary Ruvkun）曾获得2008年的拉斯克奖。 已有97位拉斯克奖得主先后获得诺贝尔奖，大家预测一下2024年得主会在何时获得诺贝尔奖呢。

摘要: 佐剂性和递送性是mRNA疫苗设计的两个关键方面。 mRNA疫苗还需要递送系统来实现在淋巴器官内的抗原呈递细胞（APCs）中的抗原表达。 mRNA为疫苗提供了一个强大的工具。

北京时间2024年10月9日17时45分，2024年诺贝尔化学奖花落三位计算蛋白质科学家，包括华盛顿大学教授 David Baker 以及AlphaFold的两位领导者 Demis Hassabis 和 John Jumper 。 由于在蛋白质领域的突出贡献， David Baker 被誉为“上帝之手”，他所领导的华盛顿大学蛋白质设计研究所在业内如雷贯耳，一直走在时代的前沿。 据智药局统计，David Baker的成果孵化了23家生物科技公司（其中一半左右是在近五年创立），总共筹集了超过15亿美元（约合人民币106亿元）的资金。

近日，和誉医药在《Future Oncology》杂志上发表了题为“MANEUVER: A Phase III Study of Pimicotinib to Assess Efficacy and Safety in Tenosynovial Giant Cell Tumor Patients”的匹米替尼三期临床研究的方案设计。 第一阶段，符合条件的受试者将按照2:1的比例随机分配，每日一次接受50mg的匹米替尼或安慰剂治疗，持续24周。 第二阶段为开放标签治疗，所有受试者将接受24周的匹米替尼治疗，直至完成或退出研究。

摘要： 合成生物学为生命科学研究提供了一种新的范式（"构建以学习"），并开启了生物技术的未来之旅（"构建以使用"）。 在这里， 我们讨论了合成生物学使能技术主流中各种原理和技术的进步，包括基因组的合成与组装、DNA存储、基因编辑、分子进化和功能蛋白的从头设计、细胞与基因回路工程、无细胞合成生物学、人工智能（AI）辅助合成生物学，以及生物铸造厂。 合成生物学，亦称为工程生物学，是一门新兴的跨学科学科。