国内首部动物病原微生物mNGS专家共识！加速高通量测序在兽医领域普及

践行“同一个健康”需要通用的微生物检测工具

共识指出，宏基因组高通量测序技术（mNGS）可用于动物及动物产品（动物源性食品、疫苗、饲料、生物材料、培养物或分离物等）中的微生物（包括病毒、细菌、真菌、寄生虫、放线菌、衣原体、支原体、立克次体、螺旋体）的测序，适用于高通量短读长测序平台和高通量长读长测序平台，如华大智造的DNBSEQ测序平台和华大序风的CycloneSEQ测序平台。世界动物卫生组织（World Organization for Animal Health，WOAH）陆生动物诊断测试和疫苗手册推荐了高通量测序技术在动物病原微生物检测上的应用场景及检测目的。

图2：《陆生动物诊断试验与疫苗手册》第 1.1.7 章 高通量测序、生物信息学和计算基因组学标准-高通量测序的应用方向

过去几十年来，禽流感、非洲猪瘟、口蹄疫等动物传染病给畜牧业造成了重大损失，同时动物来源的传染病病原体对食品安全和公共卫生健康构成了严重的威胁。据世界卫生组织报告，全球新发传染病中约有60%的传染病和75%的新兴人类病原体来自动物。有效监测、控制动物病原微生物的发生对维护人类、动物和生态系统“同一个健康”至关重要。

共识作为国内兽医领域首个宏基因组测序相关的指导性文件，汇集了国内兽医领域开展宏基因组测序的上游仪器厂家、高校科研院所、动物疫控中心、检测机构和研发企业的资深专家参与编写，旨在为兽医检测行业提供一套科学、规范的操作指导和建议。具体包括实验室建设及管理、实验操作、生物信息学分析、结果判定、质量控制和报告审核，涵盖宏基因组测序技术全流程（下图）。

图3：《动物病原微生物宏基因组高通量测序技术规范专家共识（2024版）》概览

在实际应用中，由于宏基因组高通量测序技术流程复杂，包括样品采集与保存、核酸提取、文库制备、实验污染控制、生物信息学分析、结果解读与报告、质量控制与标准化等各方面。共识结合兽医行业实际情况，给出了具体指导意见，例如：

1、建议动物病原微生物宏基因组高通量测序实验室在公共数据库的基础上自建或使用商品化动物病原微生物数据库。数据库应包含公共数据库信息、特定病原基因组信息，以及临床流行毒株基因组信息。

2、应结合临床症状对致病性微生物进行识别，同时结合阴性对照、测序样品信息（样品类型、采样部位、是否污染）和临床症状表现制定相应的结果判定标准。

3、动物病原微生物宏基因组高通量测序数据，建议二代测序碱基识别质量Q30≥90%，每个样品的序列数≥10 M（10 million）；三代测序Q10≥80%，每个样品的数据量≥1Gb（1 Gbase）。

4、临床病原微生物诊断时，为指导致病性病原微生物诊断及防治方案制定，建议对重要的病原微生物进行进一步注释，包括临床症状、易感动物、传播途径、疫病分类等。

针对上述建议的实施，华大智造作为全球唯一一家同时拥有三种不同路线基因测序技术与产品的机构，发挥自身产品矩阵优势，联合生态伙伴为行业提供兽医高通量测序解决方案，涵盖华大智造数字化样本制备系统DNBelab-D4、基因测序文库制备仪MGISP-100、基因测序仪DNBSEQ-E25、基因测序仪DNBSEQ-G99，华大序风纳米孔基因测序仪Cyclone-WT02，以及中科基因动物病原微生物分析系统，深度参与兽医检测行业变革。

华大智造提供DNBSEQ测序平台、CycloneSEQ测序平台以及配套自动化建库仪等一站式的工具，实验室可根据自身测序样品数量、测序长度、准确度、数据量、时效性和测序成本等因素选择适合的测序方法和测序平台；同时，中科基因动物病原微生物信息分析系统与DNBSEQ测序平台、CycloneSEQ测序平台均适配，包含微生物公共数据库、兽医病原专业数据库以及兽医病原临床数据库，可实现一键式自动分析。

图5：华大测序平台与中科基因动物病原数据库（左右滑动查看更多）