洪亮团队发表基于图扩散概率模型生成活性高、体积大、结构复杂蛋白质全新序列的研究
近日,上海交通大学自然科学研究院/物理与天文学院/张江高等研究院/药学院 洪亮团 队 ,设计了一种 扩散概率模型框架(CPDiffusion) ,成功设计并生成了具有增强活性的人工程序化内切核酸酶序列。 这项突破性研究展示了深度学习在蛋白质工程领域的强大潜力,为蛋白质工程、生物技术、分子诊断等领域带来了新的应用前景。 和现有的序列设计方法相比,该方法以极低的模型训练和数据成本学习蛋白质序列、结构和功能之间的隐含映射规则,生成多样化的蛋白质序列,并以极高的成功率通过湿实验验证,最终在两款超长的多结构域复杂功能蛋白(Kurthia massiliensis Ago和Pyrococcus furiosus Ago,简称为KmAgo和PfAgo)得到超过10倍的DNA剪切活性提升, 显著高于现有任何已发现的常温野生型蛋白活性。
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