染色质重塑蛋白包含4个主要家族：SWI/SNF，ISWI，CHD和INO80，它们具有多种生物学功能。 其中，SWI/SNF帮助形成开放的染色质，促进基因表达；而ISWI则感知接头DNA的长度，促进等间距核小体阵列排布，推动紧密染色质结构形成。 不同的染色质重塑蛋白具有高度保守的马达结构域 （motor domain） ，是染色质重塑反应的核心。
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