在长期的抗生素条件下，部分细菌演化产生了抵抗各类抗生素的特征，其中革兰氏阴性的肠杆菌占据了很大一部分。 在近期的《自然》杂志上，日本庆应义塾大学（Keio University）本田贤也教授团队与博德研究所（Broad Institute）和哈佛大学的研究者合作，共同从健康人的粪便中分离出了18种细菌菌株， 这些菌株组合起来可以有效地抑制肠杆菌科细菌生长，同时通过与有害菌群竞争来减轻肠道炎症，并显著减少有害菌群数量 。 这也是FMT疗法当下需要解决的问题： 从健康人群粪便中 鉴定出能有效去除有害菌群，比如肠杆菌的细菌种类 。
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