接着前五篇有关R-loop CUT&Tag的系列文章，包括R-loop概览、R-loop与表观遗传、R-loop与转录终止、R-loop CUT&Tag 系列文章之四-R-loop CUT&Tag技术原理和技术对比和R-loop CUT&Tag系列文章之五：上海嘉因实操R-loop CUT&Tag数据大解密，本篇文章将介绍R-loop与基因组稳定性的关联性。
当活跃转录区域形成DNA单链断裂或双链断裂 (double-stranded break, DSB) 时，会触发多种修复途径，使断裂附近的转录下调。这其中包括检查点介导的Pol II移除和暂停，后者还可以增加R-loop的稳定性。此外，损伤位点周围的局部染色质结构会变得更具抑制性，使转录减少。有趣的是，PRC1和PRC2都以R-loop依赖的方式定位于某些启动子，也定位于断裂处并通过H2AK119泛素化诱导转录沉默。
RNA-DNA杂交体/R-loop在部分断裂位点处积累，特别是在基因转录区域，并积极促进DNA修复。DNA双链断裂处RNA-DNA杂交体/R-loop的产生可能是由基因内的转录停滞。但也可能存在其他机制，例如在DNA损伤位点，在断裂位点的游离3’端从头转录产生损伤诱导的lncRNA或者已存在的转录物重新退火，这些都可能有助于RNA-DNA杂交体/R-loop的积累。RNA-DNA杂交体/R-loop吸引BRCA1，并招募其他修复因子包括BRCA2、PALB2（BRCA2的伴侣和定位子）和XPG。而后通过RNA解旋酶Senataxin、核糖核酸酶H1（RNase H1）、RNase H2或DEAD-box解旋酶1(DDX1)去除杂交体/R-loop，以允许RAD51加载和同源重组的发生。
TERRA（telomeric repeat-containing RNA）通常在染色体末端形成R-loop，这可能是由于其存在重复的富含G的序列，该序列可能通过在游离的DNA链上形成G4结构来增强R-loop。与大部分R-loop类似，TERRA R-loop也是瞬时的。但当端粒因断裂或者因复制逐渐变短而变得极短时，RNase H酶不再能够有效的定位在端粒处，R-loop则可以稳定存在。在酵母中，短端粒上稳定的R-loop可以促进其与长端粒重组，防止早衰的发生。在短端粒处，TERRA R-loop的累积可以通过RAD51介导的同源依赖性修复促进修复。目前还不确定TERRA是否能在短端粒形成反式R-loop，同时R-loop去除途径尚未确定。
着丝粒基因座转录成着丝粒RNA，同时含有着丝粒R-loops（centromeric R-loops，CEN R-loops），CEN R-loop以依赖细胞周期的方式被调控，这是在酵母和人类之间的保守特征。
DNA复制后在着丝粒形成CEN R-loop，其游离的ssDNA与复制蛋白A（replication protein A，RPA）结合并招募DNA损伤反应激酶ATR。ATR催化多种磷酸化事件并激活Aurora B，精确促进微管与动粒的附着和染色体分离。
上述R-loop与基因组稳定性总结如下表：
序号 | R-loop中RNA | R-loop位置 | 功能及影响 |
1 | 损伤诱导的lncRNA和DSB上的其他RNA | 转录区域的DSB | RAD51募集和同源重组 |
2 | TERRA | 端粒 | 同源重组修复短端粒 |
3 | 着丝粒RNA | 着丝粒 | 激活Aurora B和着丝点功能 |
CUT&Tag可以在全基因组范围内定位转录因子的结合位点或者组蛋白修饰发生的位置。CUT&Tag使用ProteinA-Tn5融合蛋白来结合目的蛋白上的抗体，并特异性切割目的蛋白结合的DNA，最终实现靶蛋白结合位点的精准定位。相比于ChIP-seq而言， CUT&Tag 的数据信噪比高、所需细胞数少，测序量小并且实验重复性高。
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